Внешняя кладка стен, монограммы с плитками указывают на основание монастыря, примерно, в XIV веке. Но предполагают, что строился монастырь в течение 18-ти лет с 1459 по 1476 гг. и основной храм монастыря был построен в 1476 году. Специалисты утверждают, что среди монастырей Метеор - монастырь Святой Троицы считается третьим по возрасту. Прорубленные в скале 140 ступенек безопасно ведут на вершину скалы, где расположен монастырь.